UKKI Jama’ah Al - Mujahidin sebagai salah satu lembaga dakwah di UNY berdiri secara resmi pada Hari Rabu, 29 Robiul Awal 1413 H bertepatan dengan 29 September 1992. sebelum resmi menjadi UKKI Jama’ah Al Mujahidin, perkembangan wajihah ini adalah sebagai berikut :
- Takmir Masjid Al Mujahidin IKIP Negeri Yogyakarta
- Unit Kerohanian Islam
- UKKI JAM IKIP Yogyakarta
- UKKI JAM UNY
Secara singkat, perkembangan UKKI dari waktu ke waktu bisa digambarkan sebagai berikut :
Tahun 1992 - 1994
Perintisan dan pemantapan legalitas kelembagaan dari takmir ke Unit Kerohanian Islam yang Independen. Aktivis semula menyatu dengan agenda masjid, bentuk kegiatan masih seputar PHBI, dan diskusi tertutup.
Tahun 1992 - 1996
Tahap pemantapan lembaga, terjadi perkembangan yang signifikan pada pengelolaan dan pemberdayaan lembaga. Sudah ada obsesi jangka panjang. Agenda program mulai meluas ke pelayanan kepada mahasiswa dan masyarakat umum berupa program kerohanian yang saat itu masih dalam tekanan ORBA sehingga belum bebas beraktifitas.
Tahun 1996 - 1998
Soliditas lembaga UKKI IKIP Yogyakarta mulai membuka jaringan ke lembaga eksternal bahkan ikut menyemarakkan forum - forum eksternal kampus lin. Jaringan sudah mulai terbentuk, dan SKI mulai meluas.
Tahun 1999 - 2000
SKI tiap Fakultas mulai bermunculan. Pertumbuhan jumlah kader dari tahun 1996 mengalami ledakan yang luar biasa. Sambutan civitas akademika UNY melebar, fakultas - fakultas mulai menguat dengan SKInya. Program kerja kompleks, ada unsur pergerakan, pendidikan diniah, leadership, dst. Forum nasional pun tidak ketinggalan, misalnya dengan adanya pengiriman utusan MTQ ke Gorontalo.
Tahun 2001 - 2002
Profesionalisme lembaga dan optimalisasi peran pengurus sangat diutamakan. Acara - acara pelayanan kepada mahasiswa sangat banyak dan bervariasi. Masalah kesejahteraan pengurus mulai diperhatikan. Back up pengurus sangat gencar terutama terkait pemahaman dakwah global. Ekspansi dakwah menjadi pembicaraan yang hangat dan menarik.
Tahun 2003 - 2004
Pada masa ini periodesasi UKKI bergeser, yaitu akhir periode harus pada bulan Desember. Pada masa ini interaksi UKKI kepada Rektorat lebih diintensifkan. Pada masa ini UKKI menunjukkan peran eksternal mereka dengan menjadi Koordinator PUSKOMDA DIY. Bahkan UKKI telah mengirimkan utusannya untuk menjadi SC pada PUSKOMNAS.
Tahun 2005
Pada periode ini UKKI semakin memperluas jaringan dengan beberapa kali mengirimkan utusan dalam forum - forum FSLDK Nasional, dan pada akhirnya ditunjuk sebagai BP PUSKOMNAS. Kerjasama sering dilakukan dengan pihak - pihak lain, baik intern kampus maupun dari luar kampus. Kegiatan - kegiatan yang dilaksanakan juga tidak hanya sebatas bagi masyarakat kampus, tetapi bisa dinikmati oleh khalayak ramai. UKKI juga berusaha menjalin hubungan dengan masyarakat melalui kegiatan bakti sosial.
Periode 2006
Pada tanggal 16 - 18 Desember 2005 diadakan Musyawarah Tahunan (Mustah) UKKI Jama’ah Al Mujahidin UNY, yang mana pada kesempatan itu menuntut adanya perubahan AD / ART, Pola Pembinaan dan Kaderisasi, serta GBHK. Oleh karena itu, pada periode 2006 struktur organisasi dan arahan program kerja UKKI Jama’ah Al Mujahidin UNY mengalami sedikit perubahan.
Kelembagaan
UKKI Jama’ah Al Mujahidin UNY di Universitas Negeri Yogyakarta berkedudukan sebagai UKM bersama - sama dengan ormawa yang lain, dan merupakan organisasi intra kampus yang bersifat keislaman.
Fungsi dan tujuan
UKKI Jama’ah Al Mujahidin UNY berfungsi sebagai satu - satunya wadah kegiatan mahasiswa yang bercirikan keislaman di tingkat Universitas.